Τα αδενώματα είναι ο πιο συχνός όγκος της υπόφυσης, με σύγχρονες μελέτες να εκτιμούν ότι επηρεάζουν 1 στους 1.000 ανθρώπους. Διακρίνονται σε μικροαδενώματα και μακροαδενώματα, με βάση το μέγεθος τους. Αν και γενικά αναπτύσσονται αργά και δεν εξαπλώνονται σε άλλα μέρη του σώματος, μπορούν να προκαλέσουν πλειάδα συμπτωμάτων είτε λόγω υπολειτουργίας της υπόφυσης (με συμπτώματα όπως κόπωση, υπόταση, αύξηση σωματικού βάρους, μείωση μυϊκής μάζας, υπογονιμότητα, μειωμένη λίμπιντο, στυτική δυσλειτουργία κ.ά.) ή υπερέκκρισης συγκεκριμένων ορμονών που οδηγούν σε νόσους όπως μεγαλακρία, νόσος Cushing κ.ά. Όγκοι που ασκούν πίεση επί των οπτικών νεύρων προκαλούν απώλεια οπτικών πεδίων ή/και μείωση οπτικής οξύτητας που μπορεί, χωρίς έγκαιρη παρέμβαση, να οδηγήσει σε τύφλωση.

Το κρανιοφαρυγγίωμα είναι ένας σπάνιος, βραδέως αναπτυσσόμενος, μη καρκινικός (καλοήθης) όγκος του εγκεφάλου που αναπτύσσεται κοντά στην υπόφυση και τον υποθάλαμο, προσβάλλοντας συχνά παιδιά και ενήλικες μεγαλύτερης ηλικίας. Αν και καλοήθη, προκαλούν σοβαρά συμπτώματα - απώλεια όρασης, πονοκεφάλους, και ορμονικές διαταραχές. Η θεραπεία συνήθως περιλαμβάνει χειρουργική επέμβαση και συχνά ακτινοθεραπεία.

Η κύστη Rathke  είναι μια σπάνια, καλοήθης κύστη. Συχνά εντοπίζεται τυχαία σε ενήλικες κατά τη διάρκεια μαγνητικών τομογραφιών για άλλα προβλήματα. Συνήθως είναι ασυμπτωματική, αν και μπορεί να προκαλέσει πονοκεφάλους, προβλήματα με την όραση ή ορμονική δυσλειτουργία εάν είναι αρκετά μεγάλη ώστε να συμπιέσει τους περιβάλλοντες ιστούς.

Τα υπερεφιππιακά μηνιγγιώματα είναι καλοήθεις όγκοι που αναπτύσσονται στη βάση του κρανίου κοντά στην υπόφυση και τα οπτικά νεύρα. Επηρεάζουν κυρίως ενήλικες μέσης ηλικίας, είναι συχνότερα στις γυναίκες και συχνά προκαλούν απώλεια όρασης, πονοκεφάλους και δυσλειτουργία της υπόφυσης λόγω συμπίεσης των περιβαλλόντων δομών.

H υποφυσιακή ανεπάρκεια (υποϋποφυσισμός) είναι μια συχνά δια βίου πάθηση όπου η υπόφυση δεν παράγει επαρκείς ποσότητες μίας ή περισσότερων ορμονών, επηρεάζοντας την ανάπτυξη, τον μεταβολισμό και την αναπαραγωγή. Τα συμπτώματα περιλαμβάνουν κόπωση, αλλαγές βάρους, μυϊκή αδυναμία και, στα παιδιά, χαμηλό ανάστημα. Οι αιτίες συχνά περιλαμβάνουν όγκους της υπόφυσης, ακτινοθεραπεία, φλεγμονώδεις παθήσεις ή κρανιοεγκεφαλικές κακώσεις . Η θεραπεία περιλαμβάνει ορμονική υποκατάσταση.

Η νόσος Cushing είναι μια σπάνια διαταραχή που προκαλείται από αδένωμα της υπόφυσης που εκκρίνει μεγάλη ποσότητα της ορμόνης ACTH, οδηγώντας τα επινεφρίδια να παράγουν υπερβολική κορτιζόλη. Η νόσος είναι ένας από τους τύπους του συνδρόμου Cushing που χαρακτηρίζεται από κεντρική παχυσαρκία, στρογγυλό πρόσωπο, λεπτά άκρα και κόπωση. Η θεραπεία συνήθως περιλαμβάνει χειρουργική επέμβαση.

Η μεγαλακρία (ή ακρομεγαλία) είναι μια σπάνια, αργά εξελισσόμενη διαταραχή που προκαλείται από την υπερβολική παραγωγή αυξητικής ορμόνης (GH), συνήθως από έναν καλοήθη όγκο της υπόφυσης (αδένωμα). Τα συμπτώματα περιλαμβάνουν αύξηση του μεγέθους των χεριών/ποδιών, αλλαγές στο πρόσωπο, υπερβολική εφίδρωση, πόνο στις αρθρώσεις και κόπωση. Η έγκαιρη διάγνωση βελτιώνει την πρόγνωση.

Το προλακτίνωμα είναι ένας σχετικά συχνός, μη καρκινικός όγκος της υπόφυσης που παράγει υπερβολική προλακτίνη, προκαλώντας χαμηλά οιστρογόνα/τεστοστερόνη. Τα συμπτώματα συχνά περιλαμβάνουν υπογονιμότητα, διαταραχές κύκλου, έκκριση από το στήθος και χαμηλή λίμπιντο. Η θεραπεία συνήθως περιλαμβάνει φαρμακευτική αγωγή για τη συρρίκνωση του όγκου και τη διαχείριση των ορμονικών επιπέδων.

Όταν το τουρκικό εφίππιο είναι κενό, η υπόφυση συρρικνώνεται ή ισοπεδώνεται, με αποτέλεσμα το οστέινο τουρκικό εφίππιο να φαίνεται «άδειο» στην απεικόνιση, συχνά γεμάτο με εγκεφαλονωτιαίο υγρό. Συχνά ασυμπτωματικό, μπορεί όμως να συσχετίζεται με άλλες παθήσεις και να προκαλεί πονοκεφάλους ή ορμονικές διαταραχές.